Объектом повышенного внимания правоохранителей Юрий Иванович, вероятней всего, оказался после задержания по подозрению в неоднократном получении взяток бывшего вице-губернатора Кировской области Андрея Плитко, под кураторством которого работало министерство информтехнологий. Связаны Плитко с Палюхом были и по своей предыдущей работе в органах Росреестра. Когда в СМИ появилась информация об обысках в здании областного правительства по делу Плитко, в числе кабинетов, в которых побывали силовики, назывался и кабинет Палюха. Тогда же губернатор Игорь Васильев пообещал провести в правительстве – при содействии компетентных органов – ряд «внутренних проверок», под одну из которых вполне могло попасть и возглавляемое Палюхом министерство.
Уголовное дело в отношении Юрия Ивановича было возбуждено буквально сразу после того, как он после двух с половиной лет работы в кировском правительстве подал заявление об отставке по собственному желанию. По версии следствия, некоторые действия экс-министра подпадают под признаки преступлений, предусмотренных ч.1 ст.285 («злоупотребление полномочиями») и ч.4 ст.160 («присвоение или растрата, совершенные организованной группой либо в особо крупном размере»).
В частности, как сообщает региональное Следственное управление, осенью 2019 года КОГБУ «Центр стратегического развития информационных ресурсов и систем управления» в рамках выполнения нацпроекта «качественные и безопасные автомобильные дороги» объявило аукционы на поставку технических спецсредств с функциями фото-, киносъёмки и видеозаписи для контроля над дорожным движением. Поставленное победителями торгов оборудование оказалось несоответствующим условиям соответствующих контрактов. Юрий Палюх, тем не менее, обеспечил принятие и оплату указанных спецсредств. В результате государству был причинён ущерб на сумму более 78 миллионов рублей.
